1、先用微波杀菌然后迅速密封或加盖。
2、密封后放置要压力容器内再用微波杀菌。
3、真空包装后再用微波杀菌。
在袋装食品的杀菌保鲜问题上，微波的穿透性、不破坏营养成分和低温杀菌等点，呈现出明显的优越。莱芜雪野湖雪野鱼食品厂厂选用2450兆赫微波，对袋包雪野鱼，熏鱼、叉烧、麻雀、肉松等熟食品的杀菌处理，细菌杀灭率在95%以上。
实践表明微波杀菌可广泛用于各种熟食品（鱼、肉、豆制品、酱菜等）和饮料。近年来鱼片干的市场需求不断增长，部分产品还远销国外，但长期以来均因缺乏有效杀菌手段而出现产品霉变现象，采用2450兆赫10千瓦微波处理设备，不仅具有加热干燥功能而且有杀菌灭酶效果，现已广泛应用于鱼片烘干和熟化烘烤，节能效果50%以上，鱼片酥软可口。
如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46-50％，而微波处理是60-90％，常规加热猪肝维生素A保持为58％，而微波加热为84％。节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30-50％。均匀彻底：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底。便于控制:微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
设备简单，工艺先进:与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。附：肉类呈味调味料的微波加工工艺：浓缩膏状物——进料系统——进料能量抑制器——微波干燥加热箱——出料能量抑制器——冷却系统——出料打碎系统。